Common Workflow Language reference implementation
3.1

Contents:

  • cwltool Command Line Options
    • cwltool
  • Loops
    • The loop condition
    • The loop field
    • Loop output modes
    • Loop-independent iterations
  • Provenance capture
    • Who executed the workflow?
    • CWLProv folder structure
    • Research Object manifest
    • PROV profile
    • CWLPROV namespaces
    • Account who launched cwltool
    • Starting a workflow
    • Running workflow steps
    • Data inputs (usage)
    • Data outputs (generation)
    • Ending the workflow
  • Python version support policy
  • Process generator
    • Example runs
  • API Reference
    • cwltool
      • Subpackages
        • cwltool.cwlprov
      • Submodules
        • cwltool.__main__
        • cwltool.argparser
        • cwltool.builder
        • cwltool.checker
        • cwltool.command_line_tool
        • cwltool.context
        • cwltool.cuda
        • cwltool.cwlrdf
        • cwltool.cwlviewer
        • cwltool.docker
        • cwltool.docker_id
        • cwltool.env_to_stdout
        • cwltool.errors
        • cwltool.executors
        • cwltool.factory
        • cwltool.flatten
        • cwltool.job
        • cwltool.load_tool
        • cwltool.loghandler
        • cwltool.main
        • cwltool.mpi
        • cwltool.mutation
        • cwltool.pack
        • cwltool.pathmapper
        • cwltool.process
        • cwltool.procgenerator
        • cwltool.resolver
        • cwltool.run_job
        • cwltool.secrets
        • cwltool.singularity
        • cwltool.singularity_utils
        • cwltool.software_requirements
        • cwltool.stdfsaccess
        • cwltool.subgraph
        • cwltool.task_queue
        • cwltool.udocker
        • cwltool.update
        • cwltool.utils
        • cwltool.validate_js
        • cwltool.workflow
        • cwltool.workflow_job
      • Package Contents
        • __author__
        • CWL_CONTENT_TYPES
Common Workflow Language reference implementation
  • Python Module Index

Python Module Index

c
 
c
- cwltool
    cwltool.__main__
    cwltool._version
    cwltool.argparser
    cwltool.builder
    cwltool.checker
    cwltool.command_line_tool
    cwltool.context
    cwltool.cuda
    cwltool.cwlprov
    cwltool.cwlprov.provenance_constants
    cwltool.cwlprov.provenance_profile
    cwltool.cwlprov.ro
    cwltool.cwlprov.writablebagfile
    cwltool.cwlrdf
    cwltool.cwlviewer
    cwltool.docker
    cwltool.docker_id
    cwltool.env_to_stdout
    cwltool.errors
    cwltool.executors
    cwltool.factory
    cwltool.flatten
    cwltool.job
    cwltool.load_tool
    cwltool.loghandler
    cwltool.main
    cwltool.mpi
    cwltool.mutation
    cwltool.pack
    cwltool.pathmapper
    cwltool.process
    cwltool.procgenerator
    cwltool.resolver
    cwltool.run_job
    cwltool.secrets
    cwltool.singularity
    cwltool.singularity_utils
    cwltool.software_requirements
    cwltool.stdfsaccess
    cwltool.subgraph
    cwltool.task_queue
    cwltool.udocker
    cwltool.update
    cwltool.utils
    cwltool.validate_js
    cwltool.workflow
    cwltool.workflow_job

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