Če si v Unixu ogledamo disk, vidimo drevo poimenovanih imenikov in datotek. Navadno nas globlji pogled ne zanima, včasih -- denimo, ko se nam zruši disk in bi radi rešili podatke na njem -- pa je uporabno vedeti tudi, kaj se skriva za tem. Na žalost ni nobenega dobrega načina, kako opisati organizacijo diska od ravni datotek navzdol, tako da bomo ubrali nasprotno smer, od strojne opreme navzgor.
Površina diska je razdeljena približno tako, kot si sledijo polja pri tarči za pikado: na koncentrične steze, vsaka od njih pa še naprej, radialno, na odseke. Ker so steze na zunanjem robu diska daljše kot tiste bližje osi, so navadno razdeljene na več odsekov kot notranje. Odseki ali diskovni bloki so enako veliki -- pri sodobnih Unixih navadno 1 kB (1024 osembitnih besed). Vsak diskovni blok ima svoj naslov, številko diskovnega bloka.
V Unixu je disk razdeljen na razdelke. V vsakem razdelku je zaporedje diskovnih blokov, ki ga uporabljamo neodvisno od drugih razdelkov na disku. Razdelke lahko uporabimo bodisi kot datotečni sistem bodisi kot izmenjalni prostor. Razlogi za razdelitev diska na razdelke segajo še v čase, ki so bili diski mnogo počasnejši in so se pogosteje kvarili. Meje med razdelki so morebitno napako omejile na posamezni razdelek, tako da je preostanek diska ostal dostopen. Dandanes so pomembnejše druge lastnosti razdelkov. Na posameznem razdelku lahko dovolimo samo branje, pisanja pa ne, in tako preprečimo, da bi morebitni vsiljivci spreminjali kritične sistemske datoteke. Posamezne razdelke lahko tudi po krajevnem omrežju delimo z drugimi računalniki, a tega tu ne bomo opisovali v podrobnosti. Razdelek z najnižjo zaporedno številko je posebej odlikovan. To je zagonski razdelek. Ob zagonu se z njega prebere jedro.
Posamezni razdelek lahko uporabimo bodisi kot izmenjalni prostor (ki se uporablja za navidezni pomnilnik) bodisi za datotečni sistem, v katerem so shranjene datoteke. Izmenjalni prostor jedro obravnava kot linearno zaporedje blokov, pri datotečnem sistemu pa je vse skupaj nekoliko bolj zapleteno, saj potrebujemo evidenco o tem, kateri diskovni bloki pripadajo posamezni datoteki. Ker se datoteke s časom daljšajo, krajšajo in spreminjajo, je malo verjetno, da bo datoteki dodeljeno zaporedje diskovnih blokov. Bolj verjetno je, da bodo bloki razpršeni po celotnem razdelku, kjer bo pač operacijski sistem našel prostor. Taki razpršenosti blokov pravimo tudi fragmentacija.
Vsaka datoteka in vsak imenik v datotečnem sistemu sta opisana s podatkovno strukturo, imenovano inod (angl. inode). Kazalo inodov najdemo pri ,,dnu`` (diskovni bloki z nižjimi številkami) datotečnega sistema (čisto najnižji bloki se uporabljajo za oznake in upravne zadeve, o katerih tu ne bomo razpravljali). Podatkom (datotekam in imenikom) so namenjeni diskovni bloki z višjimi številkami.
Vsak inod obsega seznam diskovnih blokov, ki pripadajo posamezni datoteki (kar sicer ni čisto res, oziroma je res samo za majhne datoteke, ampak s takimi podrobnostmi se tu ne bomo ukvarjali). Posebej bi poudarili, da inod ne vsebuje imena datoteke ali imenika.
Ime datoteke (ali imenika) je shranjeno v imeniški strukturi. To kazalo je enostavnejše od kazala inodov, saj obsega le preslikavo iz imen na številko inoda. Zdaj razumemo, zakaj imajo lahko v Unixu datoteke več pravih imen (ali trdih povezav), saj ni nobenega razloga, zakaj ne bi moglo več imen kazati na isti inod.